1. Открыть «Отчёт по Журналу сведений» (одноименная кнопка в бланке «Экспорт отчета 2-НДФЛ в XML»), по нему определить сотрудников с расхождением. Если сотрудники с расхождением известны, этот пункт можно пропустить.
2. Меню «Кадры | Сотрудники» по каждому сотруднику с расхождением вызвать из контекстного меню (правая кнопка мыши) «Налоговый регистр по учету НДФЛ» за отчетный год, по нему определить месяц, в котором возникло расхождение (строка «Долг по налогу за налогоплательщиком» или «Долг по налогу за налоговым агентом»).
3. Открыть Журнал начислений зарплаты, найти начисления по этому сотруднику за месяц, в котором возникло расхождение, проанализировать правильность заполнения закладки Выплаты по нему (особенности работы с закладкой Выплаты описаны ниже).

Для «2000» кода НДФЛ месяц получения дохода совпадает с месяцем начисления (в меню «Зарплата | Справочники | Доходы по НДФЛ» поле «Дата фактического получения дохода» имеет значение «Последний день месяца») - зарплата за январь считается доходом января, даже если выдана в феврале (или ещё не выдана).

Для кодов «2012» (отпускные), «2300» (больничный),... (в меню «Зарплата | Справочники | Доходы по НДФЛ» поле «Дата фактического получения дохода» имеет значение «День выплаты») - месяцем получения дохода считается месяц выдачи денег - отпускные (больничный), начисленные в январе, а выданные в феврале, являются доходом февраля.

Таким образом, если «Налоговый регистр по НДФЛ» показал расхождение в феврале, и в феврале есть доход «2012», «2300» или другой с «Датой фактического получения дохода» в «День выплаты», То, помимо начислений за февраль, надо проанализировать более ранние записи Журнала начислений зарплаты, где начислены эти отпускные (больничный) и добавлены Выплаты февраля.

Для каждой записи Журнала начислений зарплаты с января 2018 года необходимо заполнить закладку Выплаты. После этого сумма из колонки «Долг» перейдёт в колонку «Выплачено». При добавлении записи выдается весь список неразнесенных документов выплаты.

1. Определите дату, когда была первая выдача з/п (или аванса) за январь 2018, например 20.01.2018 г. Зайдите в меню «Сервис | Настройки бухгалтерии» раздел «Зарплата, затраты, районный», подраздел «НДФЛ, выплаты», опция «Скрывать старые выплаты до» - поставьте 20.01.2018 - документы до этой даты при добавлении Выплат предлагаться не будут.
2. При добавлении Выплат выбирайте те документы, которые относятся к текущему начислению. Если аванс за январь был выдан 20 января, а зарплата 17 февраля и 5 марта - то все эти документы добавляйте к январскому начислению.
3. Если при выдаче денег округляете суммы до рублей (или по какой-то причине выдаёте больше или меньше, чем положено) - обращайте внимание на остатки. Например: сотруднику А сумма к выдаче за январь составила 999 руб. 50 коп., сотруднику Б 1000 руб. 50 коп., а выдали обоим по 1000 руб. ровно. При добавлении записей на закладку Выплаты по сотруднику А будет добавлена нужная в данном расчете сумма 999 руб. 50 коп., остаток (50 коп.) будет доступен для добавления в Выплаты в следующем начислении. По сотруднику Б вся выданная сумма (1000 руб.) попадёт на закладку Выплаты, в колонке «Долг» записи Журнала начислений зарплаты появится сумма 50 коп. После следующей выдачи зарплаты сотруднику Б необходимо зайти в начисление, по которому есть «Долг», и закрыть его (долг 50 коп.) текущей выдачей. Невыданные рубли/копейки в колонке «Долг» могут оставаться - только в последнем месяце (исключение: зарплата за предыдущие месяцы не выдана).
4. Из контекстного меню Журнала начислений зарплаты можно вызвать «Отчет по выплатам» - он покажет, по кому из сотрудников не добавлены Выплаты.
5. Из контекстного меню Журнала выдачи зарплаты можно вызвать «Отчет по выплатам» - он покажет в какие документы Журнала начислений зарплаты на закладку Выплаты добавлен данный документ выдачи.
6. Если в записи начисления присутствуют доходы по нескольким кодам НДФЛ, то при добавлении Выплаты сумма будет разбита на несколько строк (можно увидеть в «Отчете по выплатам» из Журнала начислений).

На что обратить внимание

АВАНС

1. Документом Аванс можно «закрыть» только начисление по коду НДФЛ «2000», всё остальное ошибочно. Данное ограничение связано с тем, что при выдаче аванса НДФЛ не удерживается (удержание будет произведено при выдаче заработной платы). Когда же производится выдача отпускных («2012») или больничных («2300»), НДФЛ необходимо удержать сразу.
2. Если отпускные (или больничный) выданы вместе с авансом (один документ в Журнале выдачи зарплаты) - после добавления документа на закладку Выплаты для строки с кодом НДФЛ «2012» («2300») необходимо вручную снять флажок «Это аванс».
3. Если вся сумма за месяц выдана документом Аванс (сотрудник получил Аванс, а потом заболел) или вся сумма удержана (на закладке «Удержания», помимо НДФЛ, есть другие записи, сумма к выдаче по данному начислению 0) - на закладку Выплаты надо добавить этот документ, а потом здесь же вызвать контекстное меню (правая кнопкой мыши) «Добавить нулевые выплаты» и в поле «Дата выдачи» указать дату, когда был удержан НДФЛ по данному начислению. Если сумма Аванса больше, чем положено к выдаче в текущем начислении, то остаток будет доступен при добавлении Выплат в следующем начислении.

ПРИОРИТЕТ

4. Если было несколько выплат по текущему начислению (например, отпускные включены в общий расчет, а выплачены отдельно), то необходимо указывать приоритет разнесения оплат по коду НДФЛ (поле внизу диалога разнесения Выплат «Укажите приоритет разнесения оплат по коду НДФЛ»). По кнопке выбора будет открыта таблица, куда можно занести шаблоны для дальнейшего использования. Например, чтобы документ «закрыл» сначала отпускные, затем зарплату, а затем суммы, не входящие в базу НДФЛ, надо при добавлении значения в это поле последовательно выбрать из общего списка значения «2012», «2000», «-».

ВЫГОДА (все начисления с типом "Не выдаётся" обрабатываются аналогично)

5. Если Выгода (код начисления ВЫГОДА, код НДФЛ «2610») сделана Межрасчетным начислением - программа сформирует только проводку по начислению НДФЛ, в поле «Долг» в Журнале начислений появится сумма НДФЛ со знаком «-» . Удержание НДФЛ будет произведено при следующей выдаче зарплаты. Документ выдачи необходимо добавить на закладку Выплаты Межрасчетного начисления - сумма НДФЛ (со знаком «-») перейдёт из колонки «Долг» в колонку «Выплачено» в Журнале начислений.
6. Если Выгода добавлена в общий расчет зарплаты, то при добавлении Выплат необходимо указать Приоритет «2610» - программа сначала по нему «выдаст» -сумму НДФЛ а потом по остальным кодам НДФЛ.

ВЫПЛАТЫ «ПЕРЕХОДНОГО ПЕРИОДА»

7. Если в 2017 году работали без заполнения закладки Выплаты (функционал включался опционально), и есть документ выдачи за 2017 год, по которому выдано больше, чем было начислено (переплата) – необходимо к начислению 2018 года на закладку Выплаты добавить этот документ выдачи, вручную отредактировать сумму (оставить только ту, что относится к начислению 2018 года (в помощь отчеты «Оборотная ведомость», «Движение средств»,... по 70 счету, по сотруднику с переплатой)) и поставить флажок «Это аванс».

СВЕРКА 2-НДФЛ И 6-НДФЛ (до 2021 года)

8. Общая сумма дохода (2-НДФЛ) должна совпадать со значением строки «020 Сумма начисленного дохода» раздела 1 отчета 6-НДФЛ за год. Более детально проанализировать результат поможет «НДФЛ: Отчет по датам (для 2-НДФЛ, 6-НДФЛ)» в меню «Зарплата | Отчеты» со значением опции «Период по» равной «Дате факт. получения дохода».
9. Исчисленная сумма налога (2-НДФЛ) должна совпадать со значением строки «040 Сумма исчисленного налога» раздела 1 отчета 6-НДФЛ за год. Как сформирована сумма покажет «НДФЛ: Отчет по суммам» (меню «Зарплата | Отчеты»).
10. В строку «070 Сумма удержанного налога» раздела 1 отчета 6-НДФЛ за год попадет весь удержанный в отчетном периоде НДФЛ: будь то в январе 2018 г. выдача зарплаты за декабрь 2017 г. или выдача в текущем отчетном периоде (29.12.2018) со сроком перечисления в следующем (09.01.2019). С 2-НДФЛ этот показатель сверить нельзя (зарплата за декабрь 2017 г. является доходом 2017 г., независимо от даты выплаты, тогда же в 2-НДФЛ будет отражен удержанный НДФЛ). Увидеть, какими операциями сформирована сумма строки «070», можно в «НДФЛ: Отчет по датам (для 2-НДФЛ, 6-НДФЛ)» (меню «Зарплата | Отчеты») со значением опции «Период по» равной «Дате удержания налога».
11. Не удержанная сумма налога (2-НДФЛ) должна совпадать со строкой «080 Сумма налога, не удержанная налоговым агентом» раздела 1 отчета 6-НДФЛ за год.

СВЕРКА СУММ ГОДОВОГО ОТЧЕТА 6-НДФЛ И ПРИЛОЖЕНИЙ №1 (с 2021 года)

12. Общая сумма дохода по Справкам (2-НДФЛ) должна совпадать со значением строки «110 Сумма дохода, начисленная физическим лицам» раздела 2 отчета 6-НДФЛ за год. Более детально проанализировать результат поможет «НДФЛ: Отчет по датам (для 2-НДФЛ, 6-НДФЛ)» в меню «Зарплата | Отчеты» со значением опции «Период по» равной «Дате факт. получения дохода».
13. Исчисленная сумма налога по Справкам (2-НДФЛ) должна совпадать со значением строки «140 Сумма налога исчисленная» раздела 2 отчета 6-НДФЛ за год. Как сформирована сумма покажет «НДФЛ: Отчет по суммам» (меню «Зарплата | Отчеты»).
14. В строку «160 Сумма налога удержанная» раздела 2 отчета 6-НДФЛ за год попадет весь удержанный в отчетном периоде НДФЛ: будь то в январе 2021 г. выдача зарплаты за декабрь 2020 г. или выдача в текущем отчетном периоде (31.12.2021) со сроком перечисления в следующем году (январь 2022). С 2-НДФЛ этот показатель сверить нельзя (зарплата за декабрь 2021 г. является доходом 2021 г., независимо от даты выплаты, тогда же в 2-НДФЛ будет отражен удержанный НДФЛ). Увидеть, какими операциями сформирована сумма строки «160», можно в «НДФЛ: Отчет по датам (для 2-НДФЛ, 6-НДФЛ)» (меню «Зарплата | Отчеты») со значением опции «Период по» равной «Дате удержания налога».
15. Не удержанная сумма налога Справок (2-НДФЛ) должна совпадать со строкой «170 Сумма налога, не удержанная налоговым агентом» раздела 2 отчета 6-НДФЛ за год.