Всё так делаете. Это недоработка. Исправили. Войдет в ближайшую версию, которая, правда, выйдет не очень скоро. Сейчас можно выписать все документы, если забить операцию рализации в журнале движения ценностей и услуг. Соответственно из операции выбытия надо удалить проводки, относящиеся к реализации.