Там другой порядок, отличный от расчета компенсации в других случаях.
Во-первых, делаете расчет зарплаты (Шаг 1 и Шаг 2), т.к. для расчета компенсации нужно знать заработок за текущий период, а не за предшествующие
Во-вторых, делаете расчет компенсации
В-третьих, добавляете расчет компенсации в общий расчет зарплаты (на закладке "Больничные, отпуска, пособия" выбираете "Добавить в расчет")
Потом жмете ОК и Шаг 3 расчет налогов.
Другое дело, что при расчете компенсации у меня все равно программа ругалась на отсутствие среднего заработка, хотя раньше этот случай обрабатывался. Поэтому перед тем как нажать "Старт" в отпуске поменяйте "дату увольнения" в расчете на 1-ое число следующего месяца - эта дата все равно никуда не идет, но при расчете используется.